Open positions for PhD students in bioinformatics

Our bioinformatics research group at Politecnico di Milano announces some new open PhD positions in computer science and bioinformatics.

For further information, visit my Open positions webpage,

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IEEE Computational Intelligence Society – Jun Wang distinguished lecture at Politecnico di Milano, on May 14th 2012

On May 14th 2012, at Dipartimento di Elettronica e Informazione of Politecnico di Milano, professor Jun Wang from Chinese University of Hong Kong will give a distinguished lecture entitled “The State of the Art of Multiple-winners-take-all Networks: Neurodynamics formulation, Models, and Applications”.

This event is organized by IEEE Computational Intelligence Society Italian Chapter. Here’s the complete announcement:

IEEE CIS Distinguished Lecturer Program

Politecnico di Milano
Dipartimento di Elettronica e Informazione
Sala Seminari 14/05/2012 at 10h00
Piazza L. da Vinci 32, 20133 Milano, Italy

The State of the Art of Multiple-winners-take-all Networks:
Neurodynamics formulation, Models, and Applications

Jun Wang

Department of Mechanical & Automation Engineering
Chinese University of Hong Kong

Winner-take-all is a general rule commonly used in many applications such as machine learning and data mining. K-winners-
take-all is a generalization of winner-take-all with multiple winners. Over the last twenty years, many K-winners-take-all neural networks and circuits have been developed with varied complexity and performance. In this talk, I will start with several mathematical problem formulations of the K-winners-take-all solutions via neurodynamic optimization, then present several K winners-take-all networks with reducing model complexity based on our neurodynamic optimization models. Finally, we will
introduce the best one with the simplest model complexity and maximum computational efficiency. Analytical and Monte Carlo simulation results will be shown to demonstrate the computing characteristics and performance. The applications to parallel sorting, rank-order filtering, and information retrieval will be also discussed.

Corso di dottorato “Current Challenges in Bioinformatics” (PoliMi & UniPv)

Ho il piacere di segnalare a tutti i lettori di questo blog, e specialmente agli studenti di dottorato d’un corso d’Ingegneria o Scienze Mfn di qualsiasi universita’, un interessantissimo corso dal titolo Current Challenges in Bioinformatics, organizzato dal Politecnico di Milano e dall’Universita’ di Pavia, che si terra’ nei prossimi mesi tra Pavia e Milano.

Il corso, come avrete capito, e’ dedicato alla bioinformatica, coinvolge importanti docenti a livello internazionale, e si divide in 3 parti, ognuna di due giorni:

  • lunedi’ 11, martedi’ 12 lugio 2011al Dipartimento di Informatica e Sistemistica dell’Universita’ di Pavia:

-omics data integration for molecular medicine” di Neil SarkarUniversity of Vermont, Vermont, Usa

  • lunedi’ 12, martedi’ 13 settembre 2011al Dipartimento di Informatica e Sistemistica dell’Universita’ di Pavia:

Advanced methods for data analysis and predictive models for Genome Wide Association Studies” di Paola SebastianiBoston University, Boston, Massachusetts, Usa

  • lunedi’ 17 ottobre 2011 al Dipartimento di Elettronica e Informazione del Politecnico di Milano

Bioinformatics for personalized medicine and current challenges in the protein universe” di Alfonso ValenciaSpanish National Cancer Research Center, Spagna, Unione Europea

Course Description:

The course provides an overview of the main current problems, methods and experiences in some fundamental areas of bioinformatics, including: integration of -omics data for molecular medicine, advanced methods for data analysis and predictive models for Genome Wide Association Studies, bioinformatics for personalize medicine, and challenges in the protein universe. Within these topics, current major bioinformatics aspects, from Next Generation Sequencing, to drug-protein interaction, to text mining related aspects, will be covered with emphasis on the challenges they pose and the methodological approach they require to be tackled.

The 24 hour course is organized in collaboration with the University of Pavia within the BIO & ICT Ph.D. Internationalization Project funded by the Fondazione CARIPLO. It consists of three 8 hour seminars, each held in two subsequent days at Politecnico di Milano or at Università di Pavia. Each seminar will be given by an invited well known foreign scientist on a current major bioinformatics topic.

During the course students will be challenged with interesting biological problems that are still open in the field of bioinformatics data integration and analysis.

Sito web del corso (Current Challenges in Bioinformatics)

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La partecipazione e’ gratuita, chi volesse prenderne parte puo’ scrivermi una mail a davide.chicco(AT)gmail.com

Corso Python con SvoltaStudenti.it al PoliMi



Segnalo a tutti che oggi 23 maggio 2011 si terra’ al Politecnico di Milano la prima lezione del corso del linguaggio di programmazione Python, corso organizzato congiuntamente da me e dall’associazione SvoltaStudenti.it attiva da molti anni nel piu’ antico e importante ateneo milanese.

Chi volesse prenderne parte, puo’ consultare questa pagina.

Federico Rampini: “Politecnico di Milano e Bocconi, l’eccellenza mondiale”


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“Facciamo solo questo esempio: l’Università Bocconi e il Politecnico di Milano sono università da cui escono studenti preparatissimi. I migliori di loro arrivano negli Usa e sono alla pari, quando non ad un livello superiore, con i migliori studenti provenienti dal resto del mondo”

Federico Rampini,  2011-01-30

Oggi vi segnalo questa frase pronunciata dal grandissimo giornalista e scrittore genovese Federico Rampini, durante un’intervista di presentazione del suo nuovo libro “San Francisco Milano, un italiano nell’altra America” (Laterza 2011).


Interviste (2): Vincenzo Manzoni del Politecnico di Milano, di ritorno dal Massachusetts


Pubblichiamo oggi un nuovo articolo per la sezione “interviste” inaugurata qualche tempo fa. Oggi intervistiamo Vincenzo Manzoni, studente di dottorato in Tecnologie dell’Informazione presso il Politecnico di Milano, che e’ appena tornato dal Massachusetts: ha trascorso sei mesi al prestigioso Mit, presso il laboratorio SENSEable City Lab.

Ciao e grazie per la disponibilita’. Parlaci un po’ di te: dove ti sei laureato? Di quali aree di ricerca ti occupi?

Mi sono laureato in Ingegneria Informatica all’Università degli Studi di Bergamo a dicembre del 2007. Pochi giorni dopo ho iniziato il dottorato in Tecnologie  dell’Informazioni al Politecnico di Milano.
Durante il dottorato, mi sono dedicato allo studio degli Intelligent Transportation Systems.

Com’e’ nato il tuo interesse per il Mit di Boston?

In realtà, non ho espressamente cercato il MIT. Stavo cercando un centro di ricerca all’estero dove  trascorrere 6 mesi. Quando ho scoperto il SENSEable City Lab diretto dall’italiano Carlo Ratti, ho capito di  aver finito la mia ricerca. E da subito, tutti mi hanno caldamente supportato.

Quali erano i tuoi sentimenti verso gli Stati Uniti prima di partire? Sei sempre stato un convinto “filoatlantista”, o un “antiamericanista”, o un neutrale verso Washington? Cauta simpatia? Cauta antipatia? Stima, freddezza?

Tra tutti i sentimenti che mi hai proposto, direi cauta simpatia. Questo è ciò che mi avevano lasciato due precedenti esperienze americane sull’altra costa.

In passato avevi gia’ avuto esperienze sulla costa Ovest degli   Stati Uniti? Dove? In che occasione?

Sì, un paio di volte, entrambe in California. La mia prima volta assoluta negli Stati Uniti è stata a Los Angeles, per una conferenza sugli ITS. La seconda nella Silicon Valley, a Berkeley e San Francisco, per una competizione tra startup.

Come sono nati i contatti con il gruppo di ricerca presso il quale hai lavorato al  Mit? Stavate gia’ collaborando prima della tua partenza oppure tutto e’ nato in  funzione del tuo trasferimento?

Tutto è nato in funzione del mio trasferimento. Il mio relatore di dottorato, prof. Sergio Savaresi, ha preso il primo contatto con il prof. Carlo Ratti.

Come sei venuto a conoscenza del programma di collaborazione tra Mit e   Politecnico? E’ stato impegnativo presentare la domanda d’ammissione?

Conoscevo il programma da quando ero studente universitario. Inoltre, periodicamente la segreteria del dottorato lo ricorda nella mailing-list.
La parte difficile dell’applicare [presentare domanda d’ammissione, ndr] è raccogliere i documenti, dopodiché consiste in una e-mail e un po’ di attesa.

Come te la sei cavata con la burocrazia per entrare negli Stati Uniti? Hai avuto problemi oppure per voi “Visitin’ Scholars” c’e’ stata una corsia preferenziale?

Che io sappia, non c’è una corsia preferenziale. L’unica difficoltà, se si può chiamare tale, è prendere appuntamento e presentarsi alla ambasciata americana per l'”intervista”. Lascio un velo di mistero, perché non voglio togliere la sorpresa a chi avrà il piacere di provare l’esperienza.

Come ti sei trovato al Mit dal punto di vista lavorativo? Il caricodi lavoro richiesto dai nordamericani s’e’ rivelato giusto o eccessivo? Hai trovato molte differenze nel metodo di lavoro tra il Politecnico ed il Mit? Quali?

Il gruppo di ricerca in cui lavoravo negli Stati Uniti io aveva ritmi molto simili al mio gruppo di ricerca a Milano, il MOVE control team. Estremi :). Quindi non ho faticato ad ambientarmi.

Dal punto di vista del metodo di lavoro, la differenza più grande tra il loro metodo e il nostro è il fatto che loro non guardano solo alla sostanza, ma anche — giustamente! — alla apparenza. Come esempio, vedere il sito web del SENSEable City Lab.

Quali sono state i piu’ grandi pregi che hai notato nel “modello Mit”? Quali invece i difetti?

Pregi: le possibilità economiche. I difetti: le possibilità economiche. Averle ti permette di lavorare praticamente su ciò che vuoi. Di contro, ho notato che non lavorare con risorse scarse, limitava la mia capacità di risolvere problemi in modo creativo.

Come ti sei ambientato nella “vita sociale” statunitense? Sei riuscito subito a conoscere gente e nuovi amici oppure ci hai messo un po’? I tuoi colleghi al Mit si sono rivelati abbastanza accoglienti verso di te al tuo arrivo?

Ho trovato un ambiente molto caloroso; non ho avuto alcuna difficoltà ad ambientarmi.

Quali differenze sostanziali hai trovato tra lo stile di vita italiano e lo stile di vita yankee? Ad esempio nel girare per le strade, fare la spesa, prendere i mezzi pubblici, ecc ecc

Chiamare yankee gli americani di Boston è un po’ eccessivo :). La maggiore differenza che ho incontrato è che negli Stati Uniti nessuno si cura di come un’altra persona gira per la strada, degli abiti che indossa etc.

Sei complessivamente soddisfatto della tua esperienza? Credi che sia stata utile alla tua formazione? Qual e’ secondo te l’aspetto piu’ positivo dell’aver fatto questa esperienza?

Assolutamente soddisfatto. L’esperienza americana mi ha segnato positivamente il carattere, ha contribuito alla mia ricerca e ha migliorato la mia conoscenza delle lingua inglese.

Qual e’ stato l’impatto del rientro in Italia dopo questo periodo in Massachusetts? Forse l’Italia e gli italiani ti sono sembrati diversi di quando sei partito? Se si’, in che modo?

Fortunatamente, sono rientrato sotto Natale, così ho trovato una atmosfera calda ad accogliermi. Gli italiani mi sono sembrati diversi durante i brevi ritorni che ho fatto lungo i sei mesi. Mi sono sembrati meno gentili degli americani. E più pericolosi alla guida.

Vorresti tornare in futuro a lavorare al Mit o negli Stati Uniti?

Se ci fosse la possibilità, perché no. Però, la prossima volta, vorrei farlo con la mia ragazza/moglie. A consuntivo, è stato ciò che più mi è mancato oltreoceano.

Ringraziamo Vincenzo per la disponibilita’!

BioMed@POLIMI: 20 years & beyond, il ventennale del Dipartimento di Bioingegneria al Politecnico di Milano


Domani si terra’ presso il rettorato del Politecnico di Milano la conferenza BioMed@Polimi, per festeggiare e celebrare il ventennale del Dipartimento di Bioingegneria dell’ateneo tecnologico milanese.

Durante l’evento presenteo’ un poster dal titolo “Prediction of Gene Ontology Annotations using improved Single Value Decomposition methods”, su alcuni algoritmi che utilizzo all’interno del progetto a cui sto lavorando.

Che dire? Accorrete numerosi!